Essa é uma dúvida muito comum dos alunos principiantes.
Quando você quiser dizer "só um", "somente um" ou "apenas", você pode usar qualquer uma das expressões, ambas são corretas.
Exemplos:
We have just one son. = We have only one son.
(Temos apenas um filho.)
How can people live with just one kidney? = How can people live with only one kidney?
(Como as pessoas podem viver com apenas um rim?)